Asal Usul Coronavirus: Analisis Genom Menyarankan Dua Virus Mungkin Berkombinasi

Gambar melalui Michal Ico / Unsplash

Artikel ini oleh Alexandre Hassanin diterbitkan ulang di sini dengan izin dari The Conversation . Konten ini dibagikan di sini karena topiknya mungkin menarik minat pembaca Snopes, namun topik tersebut tidak mewakili karya pemeriksa fakta atau editor Snopes.




Dalam beberapa minggu, kita semua telah belajar banyak tentang COVID-19 dan virus penyebabnya: SARS-CoV-2. Tapi ada juga banyak rumor. Dan meski jumlah artikel ilmiah tentang virus ini terus meningkat, masih banyak area abu-abu tentang asal-usulnya.



betapa sakitnya tendangan di dalam bola

Pada spesies hewan manakah itu terjadi? Kelelawar, trenggiling, atau spesies liar lainnya? Dari mana asalnya Dari gua atau hutan di provinsi Hubei, Cina, atau di tempat lain?

Pada Desember 2019, 27 dari 41 orang pertama yang dirawat di rumah sakit (66%) melewati pasar yang terletak di jantung kota Wuhan di provinsi Hubei. Namun menurut a studi yang dilakukan di Rumah Sakit Wuhan , Kasus manusia pertama yang diidentifikasi tidak sering terjadi di pasar ini. Sebagai gantinya, perkiraan penanggalan molekuler berdasarkan urutan genom SARS-CoV-2 menunjukkan asal pada bulan November. Hal ini menimbulkan pertanyaan tentang kaitan antara epidemi COVID-19 ini dengan satwa liar.



Data genomik

Itu Genom SARS-CoV-2 dengan cepat diurutkan oleh para peneliti Cina. Ini adalah sebuah RNA molekul sekitar 30.000 basa berisi 15 gen, termasuk gen S yang mengkode protein yang terletak di permukaan selubung virus (sebagai perbandingan, genom kita berupa heliks ganda DNA berukuran sekitar 3 miliar basa dan berisi sekitar 30.000 gen).

Komparatif analisis genomik telah menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 termasuk dalam grup Betacoronaviruses dan itu sangat dekat SARS-CoV , bertanggung jawab atas epidemi pneumonia akut yang muncul pada November 2002 di provinsi Guangdong di China dan kemudian menyebar ke 29 negara pada tahun 2003. Total 8.098 kasus tercatat, termasuk 774 kematian. Diketahui bahwa kelelawar dari genus Badak (berpotensi beberapa spesies gua) adalah reservoir virus ini dan bahwa karnivora kecil, musang palem ( Paguma larvata ), mungkin telah berfungsi sebagai file host perantara antara kelelawar dan kasus manusia pertama.

Sejak itu, banyak Betacoronaviruses telah ditemukan, terutama pada kelelawar, tetapi juga pada manusia. Misalnya, RaTG13, diisolasi dari kelelawar spesies Berhubungan dengan Rhinolophidae dikumpulkan di Provinsi Yunan China, baru-baru ini digambarkan sangat mirip dengan SARS-CoV-2, dengan urutan genom identik dengan 96% . Hasil ini menunjukkan bahwa kelelawar, dan spesies tertentu dari genus Badak , Merupakan reservoir virus SARS-CoV dan SARS-CoV-2.



Satu, Berhubungan dengan Rhinolophidae .
Alexandre Hassanin,Penulis disediakan

Tapi bagaimana Anda mendefinisikan reservoir? Reservoir adalah satu atau beberapa spesies hewan yang tidak atau tidak terlalu sensitif terhadap virus, yang secara alami akan menjadi tempat tinggal satu atau beberapa virus. Tidak adanya gejala penyakit ini dijelaskan oleh keefektifan sistem kekebalan mereka, yang memungkinkan mereka melawan terlalu banyak perkembangbiakan virus.

Mekanisme rekombinasi

Pada tanggal 7 Februari 2020, kami mengetahui bahwa virus yang lebih mirip dengan SARS-CoV-2 telah ditemukan di trenggiling. Dengan 99% konkordansi genomik dilaporkan , ini menunjukkan reservoir yang lebih mungkin daripada kelelawar. Namun, a studi terbaru sedang ditinjau menunjukkan bahwa genom virus corona yang diisolasi dari trenggiling Malaysia ( Manis javanica ) kurang mirip dengan SARS-Cov-2, dengan hanya 90% dari kesesuaian genom. Ini menunjukkan bahwa virus yang diisolasi di trenggiling tidak bertanggung jawab atas epidemi COVID-19 yang sedang merebak.

Namun, virus korona yang diisolasi dari trenggiling serupa pada 99% di wilayah spesifik protein S, yang sesuai dengan 74 asam amino yang terlibat dalam domain pengikat reseptor ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2), yang memungkinkan virus untuk masuk. sel manusia untuk menginfeksi mereka. Sebaliknya, virus RaTG13 diisolasi dari kelelawar R. terkait sangat berbeda di wilayah spesifik ini (hanya 77% kesamaan). Artinya, virus corona yang diisolasi dari trenggiling mampu memasuki sel manusia sedangkan yang diisolasi dari kelelawar R. terkait tidak.

Selain itu, perbandingan genom ini menunjukkan bahwa virus SARS-Cov-2 adalah hasil rekombinasi antara dua virus yang berbeda, satu dekat dengan RaTG13 dan yang lainnya lebih dekat dengan virus trenggiling. Dengan kata lain, ini adalah chimera antara dua virus yang sudah ada sebelumnya.

Virus corona dari trenggiling bisa menjadi salah satu sumber COVID-19.
Aliansi Margasatwa / Flickr , CC OLEH

Mekanisme rekombinasi ini memiliki sudah dijelaskan pada virus corona, khususnya untuk menjelaskan asal mula SARS-CoV. Penting untuk diketahui bahwa rekombinasi menghasilkan virus baru yang berpotensi mampu menginfeksi spesies inang baru. Agar rekombinasi terjadi, dua virus yang berbeda pasti telah menginfeksi organisme yang sama secara bersamaan.

Dua pertanyaan masih belum terjawab: di organisme mana rekombinasi ini terjadi? (kelelawar, trenggiling, atau spesies lain?) Dan yang terpenting, dalam kondisi apa rekombinasi ini terjadi?


Alexandre Hassanin , Associate Professor (HDR) di Sorbonne University, ISYEB - Institute of Systematics, Evolution, Biodiversity (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Museum Nasional Sejarah Alam (MNHN)

Artikel ini diterbitkan ulang dari The Conversation di bawah lisensi Creative Commons. Membaca artikel asli .